市财政局设15个职能科室。
（一）办公室（挂人事教育科牌子）
协助局领导组织协调机关日常工作；拟定工作制度、工作计划并监督检查实施情况；负责机关文秘、信息、宣传、财政科研、信访、档案、保密、提案、财务、资产管理、接待、安全保卫、督查督办、会议组织等工作。负责局机关及局属单位的人事、劳动工资管理、党群工作，组织指导本系统教育培训工作。
（二）预算科
研究拟定市级财政体制和预算管理办法及编制年度预算的指导思想和原则；编制年度市级预算草案，汇总年度全市预决算；汇总审定各部门人员经费、公用经费支出标准和定额；审查和批复部门预算；提出增收节支和平衡财政收支的政策措施与建议；编制市级预算外资金收支计划；指导区县财政预算管理和乡镇财政工作；统一办理预算调整有关事宜；负责市对区县的财政转移支付工作；管理财政预算内行政、事业单位和社会团体的非贸易外汇。
（三）国库科
组织执行金库管理制度和政府总预算会计制度；负责市级财政资金调度，分析预算执行情况；汇总批复市级部门决算，编制市级财政决算；统一管理市级财政的银行账户；负责国债管理有关事宜；拟定并执行政府债务政策和管理制度；拟定政府采购政策，管理和监督政府采购工作；研究和推行国库集中支付制度。
（四）行政政法科
掌握分管部门的基本情况，研究拟定行政性经费的财务管理制度；研究提出行政、政法部门经费开支标准、定额和年度部门预算安排建议；审核分管部门和单位的年度财务决算；参与政府投资项目的可行性论证；对专项资金跟踪问效；组织或参与拟定有关财务管理办法。
（五）教科文科
掌握分管部门的基本情况，研究拟定事业性经费的财务管理制度；研究提出教育、科学、文化等部门经费开支标准、定额和年度部门预算安排建议；审核分管部门和单位的年度财务决算；参与政府投资项目的可行性论证；对专项资金跟踪问效；组织或参与拟定有关财务管理办法。
（六）综合科
研究市级财政发展战略和财政分配政策，编制中长期财政规划；提出调整经济政策及运用财税政策调控经济的建议，提出住房、物价和国有土地使用制度调整改革和其他经济体制改革的政策性建议；拟定预算外资金管理政策和制度，承办行政事业性收费、政府性基金的管理工作；管理行政事业性收费和政府性基金票据；监管彩票市场；负责综合性财政统计及分析工作。
（七）经济建设科
牵头与有关部门研究制订财政投资的有关政策，监督执行基本建设财务制度；参与政府投资项目的前期研究、项目评估和投资概算的确定及招标工作；负责财政性资金投资项目的工程预（结）算、竣工决算审核及管理工作，参与制定工程取费标准；管理市级粮食等专项补贴和粮食风险基金；负责民营经济涉及财政财务的有关工作。
（八）农业科
掌握分管部门的基本情况，研究提出农、林、水等部门经费开支标准、定额和年度部门预算安排建议；审核分管部门和单位年度财务决算；对专项资金跟踪问效；组织或参与拟定有关财务管理办法；参与管理和分配财政扶贫资金及农业救灾防灾资金；管理扶贫等政策性支出和专项贷款贴息；管理农业综合开发资金；参与政府投资项目的可行性论证。
（九）社会保障科
掌握分管部门的基本情况，研究提出社会保障部门经费开支标准、定额和年度部门预算安排建议；参与社会保障资金管理，监督各项社会保险资金的收缴、储存和支付，保证资金安全完整；审核分管部门和单位年度财务决算；参与政府投资项目的可行性论证；对专项资金跟踪问效；组织或参与拟定有关财务管理办法。
（十）企业科（债务金融科与其合署）
贯彻执行《企业财务通则》，研究拟定企业财务制度，协调解决执行中的重大问题，指导企业建立健全内部财务管理制度；参与研究国有企业的改制、工资和价格改革等政策问题；负责监缴国有资产收益；负责企业财务信息与统计分析。
贯彻执行外国政府贷款和国际金融组织贷款政策，参与外债项目的可行性论证，承办外债项目审批事项；管理和监督地方银行和非银行金融机构的财务工作；参与研究地方金融机构的改革、整顿地方金融秩序、防范和化解地方金融风险等政策问题。
（十一）农业税收管理科
负责全市农业税、农业特产税、耕地占用税、契税的征收管理工作；提出全市农业各税收入计划建议，督促税款及时足额入库；检查农业税收政策的执行情况；办理农业税特大灾歉减免；管理农业税收票证和装具。
（十二）会计科
管理全市会计工作；研究提出会计改革的政策建议；组织实施会计法规、准则和制度；组织、指导会计人员的业务培训；管理和监督会计电算化工作；指导和监督社会审计；负责会计委派制试点工作；管理中华会计函校日照分校。
（十三）法规税政科
组织实施上级财税法规、规章草案和政策；审核市级其他规范性文件中有关财政税收的条款；承担行政复议和行政诉讼的应诉代理工作；承担税源调查工作；负责财税法规的解释工作。
（十四）统计评价科（挂市清产核资办公室牌子）
负责全市统一会计报表工作，建立公共资源统计报告制度和统计评价指标体系；负责公共资源的统计、分析和效绩评价，汇总有关资料；组织实施全市清产核资工作；组织建设公共资源统计信息网络，逐步建立集体企业资产统计报告制度和重点国有企业监测制度。
（十五）监督检查局
　　拟定地方财政稽查政策和制度；监督财税法规、政策的执行情况；检查反映财政收支管理中的重大问题，提出加强财政管理的政策建议；组织协调财税、审计监督检查工作，依法查处重点违反财经纪律和打击报复案件。
市国有资产管理办公室
根据《中共日照市委、日照人民政府关于日照市人民政府机构改革实施意见》，在市财政局内设立国有资产管理办公室。其主要职责是：
1、贯彻执行国家、省有关国有资产管理的方针政策和法律、法规，拟定全市国有资产管理的有关政策和改革方案；研究国有资产管理中的重大问题，提出有关措施建议。
2、组织实施国有产权界定与登记、转让、授权经营、资产评估等工作。
3、审核国有资产授权经营方案，监管资本运营机构，考核国有资产运营和保值增值状况。
4、管理国有股股权，收缴国有资产收益，组织编制国有资产经营预算。
5、会同有关部门监管产权交易市场，指定公物拍卖机构，查处国有资产流失案件。
6、承办市委、市政府及市财政局交办的其他事项。
根据上述职责，市国有资产管理办公室设3个职能科（副科级）。
(一)秘书科
调查研究国有资产管理中的重大问题，提出国有资产调整方案以及加强国有资产管理的政策建议；监管产权交易市场，指定公物拍卖机构；承担行政复议和应诉工作；负责有关调研、信息、宣传、文秘等工作。
（二）资产管理科
组织执行国有资产管理的有关政策；提出国有资产调整重组草案；审核国有资产授权经营方案，监管资产运营机构；组织实施国有资产保值增值的考核，查处重大国有资产流失案件；收缴国有资产收益，编制国有资产经营预算；反映国有资产产权管理的重大问题，调查研究国有资产分布状况，提供有关信息；组织实施国有资产权属的界定、登记、转让、划转及国有资产的评估等工作。
（三）股权管理科
组织执行企业国有股权管理政策；参与审批国有独资公司的设立；审核股份制企业及上市公司国有股权设置等有关事项；调查研究国有股管理及效益情况；审核国有企业改制及产权转让方案；监缴和管理国有股权收入。
纪检组、监察室。负责机关及直属单位的纪检监察工作。